Die Kirche zu Warnkenhagen ist ein einschiffiger frühgotischer Ziegelbau, errichtet auf einem Granitfundament.

Chor und Langhaus sind mit Strebepfeilern bewehrt, jedoch sind diese beim Chor eine Zutat des 14. Jahrhunderts. Der durch einen hohen Triumphbogen vom Langhaus geschiedene Chor schließt nach älterer Weise mit der Ostwand platt ab und ist mit zwei trefflichen Kreuzgewölben überspannt. Als Schmuck an den Außenmauern des Chors befindet sich ein abgetreppter Fries. Unter dem Fries gibt es ein Band in Form einer Stromschicht.

Das Kirchenschiff hat eine flache hölzerne Decke. Sämtliche Fenster sind spitzbogig geschlossen. Das spätgotische Turmportal ist mit einem schlichten Kapitellband in der Kämpferlinie versehen. Der Turm hat ein Kreuzdach. Er soll früher eine Spitze gehabt haben, die in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts heruntergenommen wurde, weil man ihrer Festigkeit nicht traute.